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Il linfogranuloma venereo viene talora indicato con diversi altri nomi, come ad esempio malattia di Nicolas Favre Durand, poroadenite inguinale subacuta (DeStefano e Vaccarezza), linfopatia venerea, linfogranulomatosi inguinale subacuta, linfogranuloma inguinale (Hellerström, Stoccolma 1931), sesta malattia venerea (Hugh Stannus, Londra 1933), bubbone climatico coloniale (così denominato da Philatos perché più frequente nelle regioni tropicali e subtropicali), quarta malattia venerea, quinta malattia venerea.
Nel 1786, il medico scozzese John Hunter, nel suo trattato sulle malattie veneree, distingue il linfogranuloma venereo da altre malattie veneree come sifilide e gonorrea. Nel 1833 il dermatologo irlandese William Wallace la descrisse come bubbone sifilitico primario indolente e nel 1849 il medico francese Pierre Charles Huguier la chiamò estiomene anovulvare (dal greco εσθíω = mangiare, dermatosi erosiva della regione anogenitale). Nel 1873 il dermatologo francese Jean Alfred Fournier descrisse un caso di edema della vulva associato a linfoadenopatia e lo denominò sifilide ano rettale. Nel 1913 i dermatologi francesi Joseph Nicolas, Maurice Favre e Joseph Durand ne diedero la prima descrizione completa (infatti il linfogranuloma venereo viene spesso indicato come malattia di Nicolas Favre Durand. Nel 1924 il medico italiano Carlo Gamna descrisse le tipiche inclusioni citoplasmatiche basofile delle infezioni da clamidia (corpi di Gamna Favre) costituiti da materiale nucleare degenerato. Nel 1925, il dermatologo tedesco Wilhelm Siegmund Frei mise a punto un test cutaneo per identificare la malattia (intradermoreazione di Frei o semplicemente test di Frei) oggi non più utilizzato. L'agente patogeno del linfogranuloma venereo fu identificato nel 1927 dal dermatologo spagnolo Jose Gay Prieto (osservazione delle inclusioni citoplasmatiche nelle cellule provenienti dai bubboni inguinali) e confermato con i numerosi studi come quelli compiuti in Svezia da Hellerström e Wassén (1931), in Romania dal microbiologo Constantin Levaditi (1931), in Inghilterra da Hugh Stannus (che in una sua monografia del 1933 la denominò sesta malattia venerea) e dal microbiologo statunitense Joseph Tamura (1934). Nel 1998 è stato codificato l'intero genoma della clamidia tracomatis nell'ambito del Chlamydia trachomatis genome project.
Il linfogranuloma venereo inizia solitamente con delle piccole ulcere non dolenti a livello genitale (lesioni primarie o primo stadio). Questa fase può verificarsi già qualche settimana dal rapporto. Nel maschio inizia con piccole papule ben visibili che tendono nel giro di qualche giorno ad ulcerarsi (ulcera adenogena). Nella donna si ha una situazione simile, ma a volte il quadro è poco visibile in quanto le microulcere possono essere interne (es. localizzazione vaginale) e quindi passare inosservate. Nelle settimane successive il linfogranuloma venereo dà luogo al cosiddetto bubbone, costituito da uno o più linfonodi inguinali notevolmente ingranditi e quindi palpabili (linfoadenopatia tipica del secondo stadio). Il bubbone si verifica solitamente nelle aree adiacenti all'infezione primaria, interessando i linfonodi inguinali, rettali o sottomandibolari a seconda che l'infezione primaria abbia interessato rispettivamente i genitali, la regione perianale o il cavo orale. Il linfogranuloma venereo può essere pertanto trasmesso anche con i rapporti orali (orogenitali). Se la malattia non viene trattata può interessare i vasi linfatici distrettuali ed evolvere verso un possibile terzo stadio (elefantiasi genitale) caratterizzato da notevole ingrossamento dei genitali (scroto, vulva, etc).
In presenza di manifestazioni cliniche presenti a livello dei genitali è importante effettuare una visita specialistica presso il proprio dermatologo venereologo per poter differenziare un'eventuale malattia venerea (es. sifilide, gonorrea, ulcera molle, linfogranuloma venereo, granuloma inguinale, condilomi, herpes genitale, etc) da una malattia non infettiva (es. psoriasi genitale, eczema, lichen sclerosus, balanopostite, vulvovaginite, etc). La presenza di IgG e soprattutto di IgM anti clamidia possono aggiungere informazioni preziose alla diagnosi clinica (le IgM a volte sono positive già a poche settimane dall'infezione). Il linfogranuloma venereo deve essere anche differenziato da altre patologie che possono dare linfoadenopatia (es. sifilide, ulcera molle, granuloma inguinale, linfoma, tubercolosi, etc). Nella fase iniziale si può avere anche una rettite acuta. L'elefantiasi del perineo e della regione perianale prende il nome di sindrome di Jersild. La presenza di altri sintomi (es. brividi, febbre, cefalea, eritema polimorfo, etc) può indicare un interessamento sistemico della malattia.
| FASE DELLA MALATTIA | TEMPO TRASCORSO DALL'INFEZIONE | SEGNI E SINTOMI |
| I stadio | 1 - 4 settimane | Ulcere genitali non dolenti |
| II stadio | Da 1 ad alcune settimane | Bubbone (linfoadenopatia inguinale) |
| III stadio | Anni | Elefantiasi, proctite |

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